Szpital Jerozolimski to perełka wśród malborskich zabytków. Większość z nich strawiły wojny, inne rozebrali nowi gospodarze miasta. Obiekty szpitalne nie przetrwały zawieruchy historii: św. Jerzego został zniszczony w XVII wieku, św. Ducha rozebrali Francuzi w 1807 roku, a najmłodszy św. Marii podpalili w 1945 roku na wiwat czerwonoarmiści. Pozostały dwa: Jerozolimski oraz Diakonisek (ob. powiatowy).
Ze względu na brak odpowiedniej dokumentacji powstanie Szpitala Jerozolimskiego jest trudne do określenia. Pogląd o średniowiecznym pochodzeniu przetrwał przez długie dziesięciolecia dzięki słynnemu niemieckiemu konserwatorowi zabytków, wieloletniemu opiekunowi zamku w Malborku Bernhardowi Schmid (1872-1947), który w swoich publikacjach wielokrotnie datował budynek na średniowiecze: „Tysiąc kroków przed miastem, przy drodze do Sztumu [Stuhm] leży szpital Jerozolimski, poszarzały ze starości ceglany budynek z XVII wieku, którego fundamenty pochodzą z czasów Zakonu […] Szpital Jerozolimski istniał już w XIV wieku, a obecnie znajduje się Dom Starców […] Od czasów reformacji został przejęty przez protestantów.” oraz „… na zewnątrz bram stoi jeszcze stary zakonny szpital jerozolimski, gotycka budowla z muru pruskiego, która w XVII wieku została obmurowana”. Tym samym utwierdzał przekonanie przedstawione w XIX wieku przez m.in. H. Eckerdt'a, E. Heinel'a.
Bazując na dwóch zachowanych testamentach z 1527 i 1528 roku gdzie szpital określany jest mianem nowego, koło św. Jerzego można przypuszczać, iż początek istnienia to XVI wieku. Zastosowany materiał, wątki ceglane oraz dekoracje tynkarskie szczytów zachowanego budynku wskazują na XVI lub początek XVII wieku. Pierwotny szpital to budynek trzykondygnacyjny z podpiwniczoną częścią północną, z kaplicą umieszczoną na parterze gdzie wisiał ogromny gotycki krucyfiks przypominającym wszystkim o obowiązku miłosierdzia. Zbawiciel został przestawiony w sposób charakterystyczny dla gotyku z silnie wymodelowaną klatką piersiową oraz ascetyczną twarzą z przymkniętymi oczami. Krucyfiks o wymiarach 4 x 2,5 m przetrwał na tym miejscu do lat 60-tych XX wieku, następnie został zabrany do kościoła św. Jana. Resztę pomieszczeń zajmowały pokoje dla chorych rozmieszczone amfliladowo zarówno na parterze, jak i na pierwszym piętrze oraz jadalnia z kuchnią i pomieszczenie prowadzących szpital. Na wysokim poddaszu mogły znajdować się magazyny. Wejście do budynku znajdowało się w ścianie zachodniej – przetrwało do naszych czasów w stanie nienaruszonym.
Wojna polsko-szwedzka (1621-1626) przyczyniła się do znaczących zniszczeń w mieście, spalono wiele domów w tym również Szpital św. Jerzego, a pola należące do Szpitala Jerozolimskiego nie obsiano co sprawiło podjęciem przez przełożonych obu szpitali decyzji, iż od dnia 19 września 1629 roku wszelkie wydatki będą wpisywane w jedną księgę. Administrację szpitala sprawowali pod nadzorem głównego burmistrza dwaj przełożeni wybierani z kręgu prezbiterium kościoła św. Jerzego. Do ich zadań należała kontrola obowiązków matki szpitalnej (szafarki, zwanej również Hoffmutter), tzn. czy zgodnie z potrzebami wydaje pieniądze i czy wydaje je uczciwie, czy pensjonariusze są zadowoleni, czy też skarżą się na personel. Wymagano od szafarki wzorowej pobożności i moralnie dobrego prowadzenia się, które byłoby przykładem dla pensjonariuszy, funkcję powinna sprawować uczciwie, z oddaniem- tak, jakby spełniała ją dla siebie. Do administracji szpitala należeli również dwaj koszowi (kwestarze – zaopatrzeniowcy), mieszkający w szpitalu ale nie będący pensjonariuszami. W wyznaczone dni chodzili z koszami prosząc o produkty żywnościowe dla zakładu. W święta kościelne stali z puszkami przy kościele zbierając jałmużnę. Szpital miał za zadanie wspierać biedne, zmęczone życiem osoby obu płci (od czasów reformacji tylko wyznania ewangelickiego). Udać się tam mogła każda osoba w podeszłym wieku, gdy tylko było wolne miejsce, w latach 1860 – 1862 mieszkało przeciętnie 20 pensjonariuszy, przy 25 miejscach. Aby otrzymać miejsce trzeba było opłacić tzw. wkupne. .
Na planie z 1639 roku ukazującym system fortyfikacji bastionowych otaczających miasto, interesujący nas obiekt znajduje się poza pasmem obronnym miasta, jednak sam otoczony jest fortyfikacjami bastionowymi od południowego-wschodu (na którym zlokalizowano cmentarz), południa i południowego-zachodu. Obiekt przedstawiony został jako budynek wolnostojący bez zabudowy towarzyszącej z dachem dwuspadowym, rozbudowanymi szczytami i wejściem głównym umieszczonym pośrodku ściany zachodniej, a więc w tym samym miejscu co obecnie.
Najprawdopodobniej w okresie potopu szwedzkiego lub po nim szpital został spalony i w latach dziewięćdziesiątych XVII wieku odbudowany. W tym właśnie czasie wprowadzono nową konstrukcję wspomagającą uszkodzone mury, zwłaszcza wschodni i zachodni. W nich to bowiem wykuto bruzdy i umieszczono niezależną konstrukcję drewnianą, na której oparto strop parteru i I piętra oraz więźbę dachową typu jętkowo-krokwiowego z pokryciem dachówki ceramicznej mnich-mniszka. Według XIX-wiecznych podań na jednej z belek wyryto datę 1692 oraz monogram wykonawcy (nie odnalezione podczas ostatniego remontu). W trakcie tych prac obniżono wysokość I piętra na co wskazuje rozkład gzymsów na południowym i północnym szczycie, uzupełniono sklepienie kolebkowe w piwnicach, na piętrze od strony wschodniej wykuto trzy nowe otwory okienne a trzy stare zamurowano. Pierwotny, amfiladowy rozkład wnętrza zachowano, wprowadzając wewnętrzne ściany działowe o konstrukcji szkieletowej, wypełnione cegłą. W takim stanie budynek przetrwał do końca XIX wieku. Wysokie stare lipy ocieniają go z zewnątrz i otaczają głęboką, murowaną, okrągłą studnię, której woda jest chłodna jak lód i czysta jak kryształ. W dobudowanym domku – portierni, siedział zawsze stary długobrody szpitalnik, który każdemu spragnionemu wędrowcowi oferował trunek, jednak przejeżdżającemu bogaczowi podstawiał puszkę. Szpital także posiadał podcienia [altany lub przedsionki], gdzie można wypocząć. Na ścianie olbrzymi krzyż z umierającym. Za tym szpitalem znajduje się szaniec pochodzący z czasów wojny polsko-szwedzkiej, gdzie dzieci zrobiły plac zabaw, tocząc zacięte bitwy i puszczając w niebo latawce – tak opisuje E. Heinel w Erinnerungen an Marienburg 1849-1850. W północnej części cmentarza (szańców) powstał murowany wiatrak, którego ruchoma część zawaliła się w 1902 roku a podstawa pozostała do dzisiaj.
Kolejny czytelny okres adaptacji to 1907 rok, kiedy to częściowo zmieniono podziały wewnętrzne parteru i pierwszego piętra. W tym czasie wykuto dwa otwory drzwiowe w ścianie wschodniej (do mieszkania na parterze oraz do piwnicy). Przemurowano również fragment sklepienia w piwnicy południowej nad korytarzem prowadzącym z nowego otworu drzwiowego oraz fragment sklepienia kolebkowego przy ścianie zachodniej. Na szczytach i niektórych odcinkach międzygzymsowych położono nowe tynki. Oprócz tego otynkowano fragmenty zniszczonego lica ściany wschodniej, malując go i maskując pierwotny układ cegieł w wątku holenderskim. Wymieniono zniszczone belki stropowe, a na oknach założono drewniane okiennice. Na przedłużeniu szczytu północnego od strony wschodniej wymurowano ogrodzenie z furtą i bramą wjazdową na cmentarz ewangelicki.
W czasie II wojny światowej budynek nie ucierpiał. Po wojnie przeszedł w ręce miejskie (Miejskiego Przedsiębiorstwa Komunalnego i Mieszkaniowego). W latach 1961-63 przeprowadzono adaptację na cele mieszkalne. W tym czasie zmieniono dotychczasowy układ amfiladowy parteru i częściowo piętra oraz wykorzystano wysokie poddasze z pięcioma mieszkaniami, oświetlając je systemem lukarn. W piwnicy wzniesiono nowe ścianki działowe oraz zbudowano kilka nowych kominów. Również w tym czasie wprowadzono nowe schody do piwnic zarówno od strony wschodniej, jak i zachodniej. Wymieniono częściowo konstrukcję drewnianą dachu, wprowadzono nowe łaty oraz pokrycie ceramiczne. Adaptacja ta w części nie przemyślana doprowadziła do przeciążeń ścian i szczytów, co w konsekwencji doprowadziło do zniszczenia i wybrzuszeń ścian i szczytów. Pożar w latach 70-tych doprowadził do zawalania się części szczytu południowego, a odbudowa została przeprowadzona bez dbałości o zarys historyczny. W celu ratowania szczytu południowego dostawiono murowane przypory a szczyt północny wsparto konstrukcją drewnianą. W latach 80-tych rozpoczęto proces wykwaterowywania mieszkańców, które zakończono w 1989 roku. Zdewastowany budynek wstawiono na sprzedaż. Nabywcą obiektu został prywatny przedsiębiorca z Gdańska, który chciał stworzyć w nim niewielki hotelik. Brak jakichkolwiek prac doprowadziło do katastrofalnego stanu całego obiektu, w pewnym momencie na murze umieszczono napis Budynek do rozbiórki, co stało się impulsem do międzynarodowej inicjatywy odbudowy.
W 2004 roku powstało Stowarzyszenia Wspierania Szpitala Jerozolimskiego Zakonu Niemieckiego w Malborku, którego zadaniem było wspieranie inicjatywy odbudowy. W marcu 2011 roku budynek został oddany do użytku, a pomieszczenia przekazano dla Miejskiego Domu Kultury (obecnie Malborskie Centrum Kultury i Edukacji).
